Kegiatan ini dimaksudkan untuk membina peserta didik yang mempunyai bakat dan minat pada bidang tertentu. Kegiatan Ekstrakurikuler yang diselenggarakan oleh MI Istiqomah Sambas meliputi :
- Pramuka
- Komputer
- English Club
- Dokter Kecil/PMR
- Drumband
- Tenis Meja
- Band Vokal
- Qiro’ah
- Seni Lukis
- Kaligrafi
- Sepak Bola dan Futsal
- Da’i Kecil
- Hadroh
- Catur
- Bulutangkis
- Karate
- Panahan